Az alkotmányban foglaltak alapján az államhatalom legfőbb szerve a Tokióban ülésező kétkamarás Országgyűlés. Két házból, név szerint Képviselőházból (alsóház) és Tanácsosok Házából (felsőház) áll. Mindkét ház tagjait a nép választja: az alsóház 480 tagját négyévente, illetve a parlament feloszlatásakor, a felsőház 242 képviselőjét pedig hatévente. Az Országgyűlés törvényhozó és ellenőrző jögkörökkel rendelkezik. A törvények elfogadása mellett dönt a kormány által benyújtott nemzeti költségvetésről és nemzetközi szerződéseket ratifikálhat. Alkotmánymódosítást is javasolhat, amelyről elfogadása esetén a népnek kell döntenie. Japánban általános választójog van érvényben, ami azt jelenti, hogy minden huszadik életévét betöltött japán állampolgár szavazhat. A 2009-es parlamenti választásokon után a törvényhozásban képviselt legnagyobb párt a balközép Demokrata Párt, amelyet az ellenzéki jobbközép Liberális Demokrata Párt követ.

Végrehajtó hatalommal a mindenkori kormány rendelkezik. Tagjai a miniszterek, élén a kormányfővel, azaz a miniszterelnökkel. A miniszterelnök személyét az Országgyűlés házai választják ki soraik közül, de a császár bízza meg kormányalakítással. A miniszterelnök nevezi ki kormánya tagjait, többségüknek az alkotmány értelmében parlamenti képviselőnek kell lennie. Az egész kormány az Országgyűlésnek tartozik felelősséggel. Ha bizalmatlansági indítványt fogad el, a kormány minden tagjának le kell mondania. A miniszterelnök a kormány nevében törvényjavaslatokat tesz, nemzeti és nemzetközi ügyekben tesz jelentéseket, emelett ellenőrző és felügyelő hatalommal rendelkezik a közigazgatási szervek felett. Japán jelenlegi miniszterelnöke Noda Josihiko.