Az éghajlat Japánban nagyrészt mérsékelt, ám északról délre erősen változik. Az országot hat nagy éghajlati övezetre lehet osztani:

• Hokkaidó – a legészakibb. Jellemzői a hosszú, hideg telek és hűvös nyarak. A csapadék nem gyakori, de a szigetet télen gyakran sújtják hóviharok.
• Japán-tenger – Honsú nyugati partvidékén az északnyugati szél telenként jelentős havazást okoz. Nyáron ez a terület hűvösebb mint a Csendes-óceán partja, de a főn jelenség miatt gyakran igen magas hőmérsékletek alakulnak ki.
• Közép-Japán – Tipikus kontinentális éghajlat jellemzi, a telek és nyarak, valamint a nappalok és éjszakák közti nagy hőmérsékleti különbségekkel. A csapadékmennyiség aránylag kicsi.
• Szeto-beltenger – A Csúgoku és Sikoku régiók hegyei pajzsként védik ezt a területet a szelektől, ami ennek a régiónak kellemes időjárást biztosít egész évben.
• Csendes-óceán – A keleti part télen hideg, gyakori a hóesés, a nyár viszont meleg a délkeleti monszunszél miatt.
• Délnyugati-szigetek – Éghajlatuk szubtrópusi, meleg telekkel és forró nyarakkal. A csapadék nagyon gyakori, főleg az esős évszakokban. A tájfunok időszakosak.

A fő esős évszak május elején kezdődik Okinava szigetein. Az ezért felelős mérsékelt égövi ciklon az év során észak felé halad, és Hokkaidón tűnik el végleg, általában július végén. Honsú nagy részén az esős évszak június közepén kezdődik el és körülbelül hat hétig tart. Nyár végén és ősz elején a tájfunok gyakran hoznak nagy mennyiségű csapadékot.