A Japánhoz tartozó 6852 sziget Ázsia csendes-óceáni partvidéke mentén fekszik. A legjelentősebb szigetek északról dél felé haladva Hokkaidó, Honsú (a fő sziget), Sikoku és Kjúsú. A Rjúkjú-szigetek (vagy más néven Nanszei-szigetek), beleértve Okinavát, Kjúsú szigetétől délre fekszenek. Ezeket a szigeteket együttesen japán szigetvilágnak is szokták nevezni.

Az ország kb. 75%-a erdős, hegyes terület, amely alkalmatlan mezőgazdasági, ipari és lakossági használatra a meredek lejtők, a földrengések, a szélsőséges időjárás, a gyenge talaj és az esőzések által okozott földcsuszamlások miatt. Ez azt okozta, hogy a lakható területeken a népsűrűség az egekig szökött, főleg a partvidéki területeken. Japán a harmincadik legsűrűbben lakott ország a világon.

A felkelő nap országa a pacifikus hegységrendszer szeizmikusan aktív területén fekszik, három tektonikus lemez találkozásánál. Emiatt gyakoriak a földrengések, vulkanikus tevékenység észlelhető. A századok folyamán több, kisebb-nagyobb földrengés pusztított az országban, melyek gyakran okoztak gyilkos szökőárakat (1995-ben a Nagy Hansin földrengés több mint 6400 embert ölt meg).